În perioada reformelor religioase ale lui Luther și Calvin, credincioșii catolici din Marghita au trectut la cavinism și biserica romano-catolică se transformă în biserica reformată, calvină, în anul 1566. Biserica a fost reparată, transformată, mărită în perioada principilor Rákóczi, dar și mai târziu, până în zilele noastre. Reparații mari la biserică s-au efectuat în anii 1718 și în 1758, când a fost reparat turnul. În 1790 au fost transformate ferestrele și partea de sud, iar în 1815 turnul a fost desfăcut până la jumătate și construit în stil baroc. Clopotnița veche a fost schimbată în 1842, iar globul a fost introdus în turn în 1815 și în 1872. Acoperișul de șindrilă s-a schimbat în 1908, iar turnul a ajuns la forma de azi abia în anul 1944. În prezent Biserica Reformată din Marghita are 700 de locuri, 3 clopote și o orgă, cu 12 registre din anul 1860.
La recensământul din anul 2011 la Marghita au fost înregistrați 28% creștini reformați.