Credința baptistă a pătruns în Marghita prin muncitorii care lucrau la construirea căii ferate, la sfârșitul secolului al XIX-lea. Primele relatări despre credincioși datează din anul 1893, anul de înființare al Cultului Creștin Baptist din Marghita. Vestirea cuvântului a fost urmată de pocăința și botezul nou-testamentar a primilor cinci membri întemeietori ai noului cult în oraș.
Prima biserică a fost construită în anul 1923, ea devenind neîncăpătoare. Începând cu anul 1980, Evanghelia a fost vestită și în limba română, iar în anul 1990 se înființează Biserica Baptistă ,,Sfânta Treime,,.
Actuala Biserică s-a ridicat pe locul celei vechi (în anul 1990). Capacitatea sălii este de 300 de locuri. Inaugurarea a noului locaș de cult a avut loc în 30 august 1992.
La recensământul din anul 2011 la Marghita au fost înregistrați 3% creștini baptiști.